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卒業生の進路（卒業時）は，過去3年間を集計すると下表のようになります。卒業生103名の進路は，大学院進学50.5％，就職29.1％（県内8.7％，県外20.4％），及びその他20.4％に大別されます。進学先は，琉球大学大学院38名，県外の大学院14名となっています。就職先の民間企業は，サービス業16名，製造業6名，金融、情報通信及び卸売・小売業が各2名となっています。その他は，教員や公務員を志望する未就職者等を含みます。（なお，教員・公務員については，過去5年間で，気象庁に採用された者が2名います。）
| 卒業年度 | 卒業人数 | 大学院進学 | 県内企業 | 県外企業 | その他 |
| 2005 | 35 | 20 | 4 | 6 | 5 |
| 2006 | 26 | 12 | 1 | 7 | 6 |
| 2007 | 42 | 20 | 4 | 8 | 10 |
註：2005年度と2006年度の卒業人数が現在の物理系の定員である40名より少ないですが、これはこの学年は入学後に物理系・地学系を振り分けており、物理系希望者が少なかったことが主な原因です。
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琉球大学大学院，長崎大学大学院，九州大学大学院，広島大学大学院，兵庫県立大学大学院，奈良先端科学技術大学院大学，名古屋大学大学院，信州大学大学院，北陸先端科学技術大学院大学，横浜国立大学大学院, 東京学芸大学大学院，茨城大学大学院，東北大学大学院
